Odborné sekcie združenia sú odborným, metodickým a iniciatívnym orgánom združenia spravidla pre oblasť identickú s pôsobnosťou samosprávnych krajov. V súčasnosti má združenie Samosprávne kraje Slovenska zriadených 12 sekcií - na čele každej je predseda zvolený Zhromaždením združenia. Členmi sú vedúci zamestnanci jednotlivých samosprávnych krajov a schádzajú sa podľa potreby.
Úlohy odborných sekcií
Zaujímajú stanovisko k návrhom zákonov a iným dokumentom v rámci pripomienkového konania.
Pripravujú návrhy legislatívnych zmien potrebných z hľadiska samosprávy.
Zúčastňujú sa odborných diskusií s predstaviteľmi ústredných orgánov štátnej správy pri príprave stratégií
Prerokúvajú námety a žiadosti členov združenia a vypracúvajú návrhy koncepčných materiálov.
Realizujú plnenie úloh v rámci vecnej pôsobnosti sekcie uložených Zhromaždením združenia.
Predkladajú Zhromaždeniu združenia správu o ich plnení.
Hospodárska sekcia
majetko-právne vysporiadanie pozemkov & správa majetku krajov
Matúš Šaray (Bratislava)
Školská sekcia
rozvoj stredoškolského vzdelávania & podpora školských zariadení
Richard Hančin (Trenčín)
Kultúrna sekcia
podpora nezriaďovanej kultúry & kultúrnych inštitúcií
Peter Kadlic (Trnava)
Finančná sekcia
koordinácia rozpočtových & finančných vzťahov
Monika Brathová (Nitra)
Sekcia kohéznej politiky
postavenie krajov v rámci čerpania finančných prostriedkov z fondov EÚ